El órgano directivo superior del AMM es la Junta Directiva, la cual está integrada (según el artículo 21 del Reglamento del AMM), por diez miembros titulares, representantes de cada una de las cinco agrupaciones de participantes del Mercado Mayorista (Generadores, Distribuidores, Transportistas, Comercializadores, Grandes Usuarios).

Los representantes deben ser electos por un período de dos años, pudiendo ser reelectos.

La Junta Directiva esta conformada por:

• Representantes Agentes Comercializadores
• Representantes Agentes Transportistas
• Representante Agentes Generadores
• Representantes Agentes Distribuidores
• Representantes Grandes Usuarios

Las funciones principales de la Junta Directiva, según el artículo 20 del Reglamento del AMM son:

1. Identificar faltas e incumplimientos de los Participantes del Mercado Mayorista e informar a la Comisión Nacional de Energía Eléctrica.
2. Resolver las discrepancias que surjan de las operaciones en el Mercado Mayorista, en lo que sea de su competencia.
3. Aprobar y elevar a la Comisión Nacional de Energía Eléctrica, documentos, estudios e informes del AMM.
4. El órgano ejecutor de las decisiones de la Junta Directiva será la Gerencia General, quien será responsable de realizar las tareas técnicas y administrativas para la coordinación y el correcto funcionamiento del AMM.